Az új H1N1 influenza tünetei a szezonális influenzáéhoz hasonlóan többek között: láz, köhögés, torokfájás, orrváladékozás és -dugulás, különféle testtájakon jelentkező sajgás, fejfájás, borzongás, és kimerültség.
A vírus által megfertőzött emberek tetemes hányada hasmenésről és hányásról is beszámolt. Ezenkívül – a szezonális influenzához hasonlóan – súlyos megbetegedések, sőt halálesetek is előfordultak a vírusfertőzés következményeként.
A járványügy a megfertőződött egyének orvosi kórelőzményének tanulmányozásával igyekszik kideríteni, hogy vajon egyesek esetében fokozott-e a vírus okozta fertőződés, a súlyos megbetegedés, vagy a kórházi beutalás kockázata. A szezonális influenza esetében bizonyos egyéneket fokozottan fenyeget a súlyos, influenzás szövődmények kockázata. Ide tartoznak többek között a 65 éves vagy idősebb emberek, az 5 évesnél fiatalabb gyermekek, a terhes nők, valamint az idült betegségekben szenvedők életkortól függetlenül. Ezidőtájt nem ismert, hogy vajon az új vírus okozta fertőzés súlyos influenzás szövődményeinek is nagyobb-e a kockázata bizonyos embercsoportokban.